An der Kamome-Akademie geht das Gerücht um, dass sich irgendwo auf dem Schulgelände eine Uhr befindet, die den Lauf der Zeit in der Akademie regelt. Diese Uhr wird von drei Uhrmachern bewacht, die jeweils die Vergangenheit, die Gegenwart und die Zukunft repräsentieren. Trotz allem kommt es zu einem unvorhergesehenen Ereignis, das Chaos auslöst: Die Schüler altern rapide und die Infrastruktur der Akademie bricht zusammen. Nene Yashiro und Kou Minamoto bitten Hanako-kun um Hilfe und begeben sich auf ein neues Abenteuer, um die Verantwortlichen für dieses Chaos zu finden. Doch sie entdecken mehr als nur die Identität der Schuldigen. Während verborgene Wahrheiten ans Licht kommen und neue Gelübde geschlossen werden, finden sich die Schüler der Akademie und ihre Geister in einem Spiel des Schicksals wieder, in dem die Lebenden darum kämpfen, sich aus seinem Griff zu befreien.