Nach der Zerstörung ihrer Heimatstadt schließen die Kindheitsfreunde Kafka Hibino und Mina Ashiro einen Pakt, Offiziere der Verteidigungskräfte zu werden – einer militarisierten Organisation, die Japan vor riesigen Monstern namens „Kaijuu“ schützen soll. Jahrzehnte später hat der 32-jährige Kafka seinen Traum vom Heldentum fast aufgegeben. Stattdessen räumt er die Überreste der getöteten Kaijuu auf, nachdem sie von tapferen Soldaten besiegt wurden – darunter auch Mina, die ihr gemeinsames Ziel erfolgreich erreicht hat. Als Kafka seinen neuen Kollegen Reno Ichikawa kennenlernt, sieht er sich mit seinem früheren Ich konfrontiert: einem ehrgeizigen jungen Mann, dessen einziger Wunsch es ist, als Mitglied der Verteidigungskräfte zu kämpfen. Leider geraten die beiden bald in eine bizarre Begegnung mit einem abtrünnigen Kaijuu. Obwohl Kafka seine angeborene Heldennatur unter Beweis stellt und Reno vor dem sicheren Tod rettet, wird er schwer verletzt. Während sich beide Männer im Krankenhaus erholen, wird Kafka scheinbar von einem weiteren Monster angegriffen. Dadurch erhält er die Fähigkeit, sich in einen humanoiden Kaijuu mit der Kraft und den Fähigkeiten der riesigen Monster zu verwandeln, die Japan bedrohen. Vom Militär „Kaijuu Nr. 8” getauft, beschließt Kafka, seine neu gewonnenen Fähigkeiten für das Wohl der Allgemeinheit einzusetzen. Verbunden durch gegenseitigen Respekt, machen sich Kafka und Reno auf, um sich Kriegern wie Mina an der Front der Verteidigungstruppe anzuschließen.