Rudo und sein Pflegevater Regto leben in den Slums einer wohlhabenden Stadt und versuchen, mit den anderen Bewohnern der Stadt zusammenzuleben, aber Rudo verachtet die Verschwendungssucht der Oberschicht. Er ignoriert die Warnungen seiner Mitmenschen und durchsucht regelmäßig den Müll der Stadt nach nützlichen oder wertvollen Dingen, die er vor dem „Abgrund“ retten kann – einem riesigen Loch, in das alles geworfen wird, was als Müll gilt, einschließlich Menschen. Rudos leiblicher Vater war einer dieser Menschen, der wegen Mordes angeklagt und in den Abgrund geworfen wurde. Eines Tages, nachdem er auf dem Heimweg einer mysteriösen Gestalt begegnet ist, kehrt Rudo zurück und findet Regtos sterbenden Körper auf dem Boden. Er wird sofort von den Behörden am Tatort gefunden und des Mordes angeklagt. Niemand glaubt ihm, dass er unschuldig ist, und er wird in den Abyss geworfen. Anstatt zu sterben, findet er sich jedoch an einem seltsamen, übelriechenden Ort wieder, umgeben von Monstern aus Müll. Als Rudo von diesen Monstern angegriffen wird, wird er von einem Mann namens Enjin gerettet, der sich als „Cleaner“ zu erkennen gibt – jemand, der diese Kreaturen mit speziellen Waffen, den sogenannten Vital Instruments, bekämpft. Um Rache an dem Mörder von Regto zu nehmen, wird Rudo widerwillig selbst zum Cleaner, um sich seinen Weg aus dem Abyss zurück an die Oberfläche zu kämpfen.