„E-Pulse“, das durch menschliche Gedanken und Emotionen erzeugt wird, wurde als Energiequelle für das KI-Unterstützungsgerät „Sapotama“ verwendet. Aus den Schatten dieser bemerkenswerten Entwicklung tauchen furchterregende Monster auf. Digimon sind Lebewesen, die sich durch den Konsum von E-Pulse weiterentwickeln. Tomoro Tenma wird in ein außergewöhnliches Erlebnis hineingezogen, nachdem er Gekkomon trifft, der plötzlich aus seinem Sapotama erscheint. Während er mit Kyo Sawashiro und anderen Mitgliedern des Kopfgeldjägerteams „Golden Dawn“ zusammenlebt, fasst Tomoro einen neuen Entschluss. Welche neue Zukunft werden Menschen und Digimon gemeinsam gestalten?