Shinichi Kudou, ein Highschool-Schüler mit erstaunlichem Talent für Detektivarbeit, ist bekannt dafür, mehrere schwierige Fälle gelöst zu haben. Eines Tages, als Shinichi zwei verdächtige Männer entdeckt und beschließt, ihnen zu folgen, wird er versehentlich Zeuge einer beunruhigenden illegalen Aktivität. Leider wird er dabei erwischt, sodass die Männer ihm eine von ihrer kriminellen Organisation entwickelte experimentelle Droge verabreichen und ihn dem Tod überlassen. Zu seiner eigenen Überraschung überlebt Shinichi jedoch und erwacht am nächsten Tag in dem Körper eines siebenjährigen Kindes. Da er seine ursprüngliche Intelligenz vollständig bewahrt hat, verbirgt er seine wahre Identität vor allen, einschließlich seiner Kindheitsfreundin Ran Mouri und ihrem Vater, dem Privatdetektiv Kogorou Mouri. Zu diesem Zweck nimmt er den Decknamen Conan Edogawa an, inspiriert von den Krimiautoren Arthur Conan Doyle und Ranpo Edogawa.